V roku 2000 si GKÚ pripomenul 50. výročie svojho vzniku. Zriadený bol v roku 1950 vládnym nariadením č.43/1950 pod názvom Slovenský zememeračský a kartografický ústav. Jeho základom boli špeciálne technické útvary Ministerstva financií - Triangulačná kancelária v Bratislave, Reprodukčný ústav v Turčianskom svätom Martine, Archív máp katastrálnych v Bratislave, Fotogrametrický ústav pre Slovensko v Bratislave a oddelenie štátnej nivelácie Povereníctva techniky v Bratislave. Činnosť SLOVZAKÚ bola sústredená na oblasť budovania geodetických základov polohových aj výškových, v reprodukčnej a fotogrametrickej oblasti na prípravu tvorby radu nových pôvodných topografických máp z územia celého štátu.

V roku 1954 vznikol vládnym nariadením č.1/1954 samostatný rezort geodézie a kartografie, ktorý zastrešoval štátnu zememeračskú službu. Novou organizáciou geodetických a kartografických pracovísk bol SLOVZAKÚ premenovaný na Geodetický, topografický a kartografický ústav v Bratislave, v ktorom sa okrem dokončovania trigonometrickej a nivelačnej siete začalo s tvorbou topografickej mapy 1:25000. V roku 1957 došlo k zmene, v dôsledku ktorej vznikli dva ústavy: Geodetický ústav v Bratislave a Kartografický a reprodukčný ústav v Modre - Harmónii. V roku 1958 boli ukončené práce na topografickej mape v mierke 1:25000, začaté prácena mape 1:10000 (ukončené v r.1965). V tomto období bola vykonaná revízia a údržba bodov trigonometrickej siete, boli ukončené merania v nivelačnej sieti III. rádu a pre potreby súborného vyrovnania I. rádu Česko-slovenskej jednotnej nivelačnej siete boli prepojené siete okolitých európskych štátov, bol vykonaný prevod údajov do baltského výškového systému a vyhotovené katalógy nivelačných bodov. Začalo sa s budovaním siete opakovaných nivelácií v rámci medzinárodného výskumu recentných vertikálnych pohybov zemského povrchu, ako aj budovanie zvláštnych nivelačných sietí.

Rozsiahla štrukturálna reorganizácia začiatkom roka 1966 priniesla výraznejšiu zmenu v živote ústavu. Jeho činnosť sa sústredila na geodetické základy, archív a dokumentáciu. Vznikol aj experiment s cieľom rozložiť niektoré kompetencie na celé územie štátu, výsledkom čoho bolo zriadenie Kartografického a geodetického fondu v Bratislave, ktorému organizačne podliehala pobočka v Prahe, vytvorená z Geodetického a topografického ústavu v Prahe. KGF nemal dlhé trvanie, zanikol na základe ústavného zákona o federácii v roku 1968, kedy boli obnovené národné rezorty geodézie a kartografie. Bratislavský ústav sa vrátil k názvu Geodetický ústav v Bratislave (1969-1972), v roku 1973 po zmene spôsobu hospodárenia prijal štatút národného podniku s úpravou v názve na Geodetický ústav, n.p. Bratislava (1973-1988) a po zaradení medzi štátne podniky na Geodetický podnik, š.p. Bratislava (1989-1990).

1.januára 1991 vznikol Geodetický a kartografický ústav Bratislava ako nástupnícka organizácia Geodetického podniku, š.p., Bratislava s úlohami nadväznými na doterajšie, rozšírené o tvorbu a vydávanie štátneho mapového diela stredných mierok a správu Ústredného archívu geodézie a kartografie.